Stichting voor Interconfessioneel voortgezet onderwijs in Oostelijk West-Friesland
Het Martinuscollege valt onder het bestuur van de Stichting voor Interconfessioneel voortgezet onderwijs in Oostelijk West-Friesland. De Stichting heeft een bestuursvorm waarbij onderscheid wordt gemaakt in het Bestuur van de Stichting en de Raad van Toezicht van de Stichting. Door de twee bestuurlijke functies, besturen en toezicht houden, te scheiden wordt het belang dat de Stichting hecht aan verantwoording afleggen nadrukkelijk vormgegeven.
Raad van toezicht
De Raad van Toezicht houdt toezicht op het beleid van het Bestuur, waakt over de algemene gang van zaken en toetst of de school haar maatschappelijke functie op de juiste wijze invult en vervult. De Raad van Toezicht staat onder voorzitterschap van de heer C.N.M. Ruitenberg.
College van bestuur
Het College van Bestuur, zijnde het 'bevoegd gezag' in de zin van de Wet op het voortgezet onderwijs, wordt gevormd door de algemeen directeur.